SYLLABUS

1. Fiche d’identification

Rubrique Description
Intitulé de l’UE Enzymologie
Niveau / parcours Licence 2 – Sciences agroalimentaires
Nature UE fondamentale obligatoire
Volume horaire présentiel 30 h : Cours magistral (CM) 24 h – Travaux dirigés (TD) 6 h
Travail personnel de l’étudiant ≈ 30 h recommandées (lecture du polycopié, préparation des TD, devoir maison,
révisions)
Crédits 2 crédits (1 crédit = 15 h)
Langue d’enseignement Français
Prérequis Biochimie structurale (acides aminés, structure des protéines, glucides, lipides),
notions de chimie des solutions (pH, concentrations), fonctions mathématiques
simples (droite, hyperbole, logarithme)
UE en aval Biochimie alimentaire, microbiologie alimentaire, technologies des industries
agroalimentaires (laiterie, céréales, boissons, fruits et légumes), biotechnologies,
contrôle qualité
Enseignant responsable MBAILASSEM Bégoto (begoto.fils3@gmail.com)

2. Présentation et justification du cours

Les enzymes sont les catalyseurs biologiques : sans elles, les réactions du vivant seraient beaucoup trop lentes pour entretenir la vie. Pour un technologue de l’agroalimentaire, elles ont une double importance : elles sont à la fois des outils de transformation (fabrication du fromage, de la bière de mil, des jus de fruits, des sirops de glucose, attendrissement des viandes) et des causes d’altération (brunissement des fruits coupés, rancissement, ramollissement) qu’il faut savoir maîtriser.

Le cours part des notions fondamentales (nature et fonctionnement des enzymes), établit les lois de la cinétique enzymatique , étudie les facteurs qui modifient l’activité (température, pH, inhibiteurs) et se termine par les applications et la maîtrise des enzymes dans les industries agroalimentaires . Les exemples sont pris autant que possible dans les produits et les pratiques locales : lait caillé et fromage, bière de sorgho, manioc, mangue, papaye, bissap.

3. Objectifs d’apprentissage

3.1 Objectif général

À l’issue de l’UE, l’étudiant sera capable d’ expliquer le fonctionnement des enzymes, d’analyser leur cinétique et l’effet des facteurs du milieu, et d’appliquer ces connaissances à l’utilisation et à la maîtrise des enzymes dans la transformation et la conservation des aliments .

3.2 Objectifs spécifiques

À la fin du cours, l’étudiant doit être capable de :

  1. Définir une enzyme, décrire son site actif et ses cofacteurs, et expliquer comment elle accélère une réaction (connaître, comprendre).

  2. Nommer et classer une enzyme selon la nomenclature internationale (classes EC) (connaître, appliquer).

  3. Exprimer une activité enzymatique (unité internationale, katal, activité spécifique) (appliquer).

  4. Établir et utiliser l’équation de Michaelis-Menten ; déterminer Km et Vmax graphiquement ; calculer kcat et l’efficacité catalytique (appliquer, analyser).

  5. Expliquer l’effet de la température, du pH et de la concentration en enzyme sur l’activité (comprendre).

  6. Identifier le type d’une inhibition à partir de données expérimentales et calculer une constante d’inhibition (analyser).

  7. Décrire les principaux modes de régulation de l’activité enzymatique (comprendre).

  8. Choisir une enzyme adaptée à une opération agroalimentaire et proposer des moyens de maîtriser les enzymes indésirables (appliquer, évaluer).

4. Compétences visées

Type de compétence Compétences développées
Disciplinaires Maîtriser les bases de l’enzymologie ; relier structure, fonction et conditions d’activité
des enzymes.
Méthodologiques Traiter des données cinétiques (tableaux, représentations graphiques, régressions
linéaires) ; effectuer des calculs d’activité et de dosage d’enzyme dans un procédé.
Professionnelles Choisir les conditions d’emploi d’une enzyme technologique ; maîtriser le
brunissement enzymatique ; contrôler l’efficacité d’un traitement thermique par un
test enzymatique (blanchiment, pasteurisation).
Transversales Rédiger une courte étude de cas ; rechercher une information technique fiable (fiches
techniques d’enzymes commerciales).

5. Contenu synthétique et répartition horaire

Chapitre Intitulé CM TD
1 Généralités sur les enzymes 4 h –
2 Cinétique enzymatique 6 h 2 h
3 Facteurs de l’activité, inhibition et régulation 6 h 2 h
4 Les enzymes dans les industries agroalimentaires 8 h 2 h
Total 24 h 6 h

6. Progression pédagogique (calendrier indicatif sur 12 semaines)

Sem. Cours magistral (2 h) TD (2 h)
1 CM1 – Introduction ; historique ; nature des enzymes ; cofacteurs et
coenzymes
2 CM2 – Site actif, spécificité, mécanisme d’action ; nomenclature et
classification ; unités d’activité
3 CM3 – Cinétique chimique ; vitesse initiale ; effet de la concentration en
substrat
4 CM4 – Équation de Michaelis-Menten ; signification de Km, Vmax, kcat
5 CM5 – Représentations linéaires ; enzymes allostériques TD1 – Cinétique enzymatique
Sem. Cours magistral (2 h) TD (2 h)
6 CM6 – Effet de la température, du pH et de la concentration en enzyme
7 CM7 – Inhibitions réversibles et irréversibles
8 CM8 – Régulation de l’activité enzymatique TD2 – Facteurs et inhibition (+
test court n° 1)
9 CM9 – Sources, production, formes commerciales et immobilisation des
enzymes
10 CM10 – Enzymes des glucides : amidon, sucres, fruits (amylases, invertase,
lactase, pectinases)
11 CM11 – Enzymes des protéines et des lipides : fromagerie, viandes,
boulangerie, arômes
12 CM12 – Enzymes indésirables et leur maîtrise ; enzymes indicatrices ;
dosages enzymatiques ; synthèse
TD3 – Applications
agroalimentaires (+ test court n°
2)

Semaines 13-14 : remise du devoir maison, révisions et examen terminal.

7. Méthodes pédagogiques

8. Modalités d’évaluation

Composante Nature Poids
Tests courts 2 tests de 20 min en début de TD2 et TD3 (QCM, calculs simples) 20 %
Devoir maison Étude de cas en binôme (2 à 3 pages) sur les enzymes d’un produit
alimentaire local
20 %
Examen terminal Épreuve écrite de 1 h 30 : QCM, exercice de cinétique, question
d’application agroalimentaire
60 %

9. Alignement objectifs – activités – évaluations

Objectif spécifique Activités d’apprentissage Évaluation
1-3 (généralités, classification, unités) CM1-2, TD1 (ex. d’unités) Test 1, examen (QCM)
4 (cinétique) CM3-5, TD1 Test 1, examen (exercice)
Objectif spécifique Activités d’apprentissage Évaluation
5-7 (facteurs, inhibition, régulation) CM6-8, TD2 Test 2, examen
8 (applications agroalimentaires) CM9-12, TD3, devoir maison Devoir, examen (question
d’application)

10. Bibliographie recommandée

Chapitre 1 – Généralités sur les enzymes

Objectifs du chapitre (4 h de CM)

1.1 Définition et historique

Une enzyme est un catalyseur biologique , le plus souvent de nature protéique, qui accélère une réaction chimique spécifique sans être consommé et sans modifier l’équilibre de la réaction.

La molécule transformée est le substrat ; la molécule formée est le produit .

Date Découverte
1833 Payen et Persoz isolent de l’orge germée (malt) une substance qui liquéfie
l’amidon : la « diastase » (une amylase). C’est la première enzyme décrite, et
elle est d’emblée liée à une technologie alimentaire : la brasserie.
1877 Kühne propose le terme « enzyme » (du grec_en zymê_, « dans le levain »).
1894 Emil Fischer propose le modèle « clé-serrure » pour expliquer la spécificité.
1897 Eduard Büchner montre qu’un extrait de levure sans cellules vivantes fait
fermenter le sucre en alcool.
1913 Leonor Michaelis et Maud Menten publient l’équation fondamentale de la
cinétique enzymatique.
1926 James Sumner cristallise l’uréase et démontre la nature protéique des enzymes.
années 1980 Découverte des ribozymes (ARN à activité catalytique) par Thomas Cech et
Sidney Altman.

1.2 Nature des enzymes : apoenzyme et cofacteurs

Presque toutes les enzymes sont des protéines globulaires . Leur activité dépend de leur structure tridimensionnelle : toute dénaturation (chaleur, pH extrême) entraîne une perte d’activité. Beaucoup ont besoin d’une partie non protéique pour être actives :

Holoenzyme (active) = Apoenzyme (partie protéique, inactive seule) + Cofacteur

1.3 Le site actif et la spécificité

Le site actif est une petite région de l’enzyme, souvent une cavité, où se fixe le substrat et où a lieu la réaction. Il comprend un site de fixation (reconnaissance du substrat par des liaisons faibles) et un site catalytique (acides aminés qui participent à la réaction, par exemple Ser, His, Asp, Cys).

Figure 1. Deux modèles d’interaction entre l’enzyme et son substrat.

La spécificité est une propriété majeure des enzymes :

1.4 Comment une enzyme accélère-t-elle une réaction ?

Pour réagir, les molécules doivent franchir une barrière d’énergie, l’ énergie d’activation (Ea), qui correspond à l’ état de transition . L’enzyme forme avec le substrat un complexe enzymesubstrat (ES) qui stabilise l’état de transition et abaisse l’énergie d’activation : E + S ⇌ ES → E + P

Figure 2. Profil énergétique d’une réaction avec et sans enzyme.

1.5 Nomenclature et classification

Le nom usuel d’une enzyme se forme en général en ajoutant le suffixe -ase au nom du substrat (lactase, amylase, uréase) ou de la réaction (déshydrogénase, isomérase). Certains noms anciens ne suivent pas cette règle (pepsine, trypsine, présure). L’Union internationale de biochimie et de biologie moléculaire (IUBMB) attribue à chaque enzyme un numéro EC à quatre nombres

(EC a.b.c.d), dont le premier indique la classe :

Classe EC Type de réaction Exemples en agroalimentaire
1. Oxydoréductases Transfert
d’électrons
Glucose oxydase (EC 1.1.3.4), catalase,
(oxydation / réduction) polyphénol
oxydase,
peroxydase,
lipoxygénase
2. Transférases Transfert d’un groupement Transglutaminase (liaison des protéines :
d’une molécule à une autre surimi, produits carnés restructurés)
Classe EC Type de réactio n Exemples en agroalimentaire
3. Hydrolases Coupure d’une
l’eau
liaison par α-amylase (EC 3.2.1.1), lactase ou β-
galactosidase (EC 3.2.1.23), invertase,
pectinases,
protéases
(chymosine,
papaïne), lipases
4. Lyases Coupure d’une
eau ni oxydation
de doubles liaiso
liaison
, ou form
ns
sans
ation
Pectate lyase, alliinase (arôme de l’ail et
de l’oignon)
5. Isomérases Réarrangement
intramoléculaire
Glucose (xylose) isomérase (EC 5.3.1.5) :
glucose → fructose
6. Ligases Union de deu
couplée à l’h
l’ATP
x moléc
ydrolyse
ules
de
ADN ligase (biotechnologies)
7. Translocases Transport
d’io
molécules
à
membrane
ns
ou
travers
de
une
ATPases membranaires (classe ajoutée en
2018)

Les hydrolases représentent la grande majorité des enzymes utilisées en industrie agroalimentaire, car elles ne nécessitent pas de coenzyme et fonctionnent dans l’eau.

1.6 Mesure de l’activité enzymatique

On ne mesure pas la « quantité » d’enzyme en grammes mais son activité , c’est-à-dire la quantité de substrat transformé (ou de produit formé) par unité de temps, dans des conditions définies (température, pH, concentration en substrat saturante).

L’activité se mesure par la disparition du substrat ou l’apparition du produit, le plus souvent par spectrophotométrie (exemple : apparition du NADH à 340 nm ; libération de p-nitrophénol jaune à 405 nm à partir d’un substrat synthétique).

Chapitre 2 : Cinétique enzymatique

Objectifs du chapitre (6 h de CM)

2.1 La vitesse initiale

Au cours d’une réaction enzymatique, la quantité de produit augmente d’abord linéairement avec le temps, puis de plus en plus lentement (épuisement du substrat, accumulation du produit, perte d’activité). On mesure donc la vitesse initiale (v₀), pente de la tangente à l’origine de la courbe [P] = f(t), pendant la période où moins de 10 % environ du substrat a été transformé. À concentration de substrat saturante, v₀ est proportionnelle à la concentration en enzyme : c’est le principe du dosage d’une enzyme.

2.2 Effet de la concentration en substrat : le modèle de Michaelis-Menten

Quand on mesure v₀ pour des concentrations croissantes de substrat, à concentration d’enzyme constante, on obtient une hyperbole : v₀ augmente d’abord proportionnellement à [S] (cinétique d’ ordre 1 ), puis tend vers une valeur maximale, Vmax , lorsque toutes les molécules d’enzyme sont occupées par le substrat ( saturation , cinétique d’ ordre 0 ).

Le modèle repose sur le schéma : E + S ⇌ ES (constantes k₁ et k₋₁) puis ES → E + P (constante k₂, aussi notée kcat), et sur deux hypothèses : on mesure la vitesse initiale (la réaction inverse P → S est négligeable) et la concentration du complexe ES reste constante ( état stationnaire , Briggs et Haldane, 1925). On obtient :

v₀ = Vmax [S] / (Km + [S])

Figure 3. Courbe de Michaelis-Menten : vitesse initiale en fonction de la concentration en substrat.

Signification des paramètres

Cas limites utiles : si [S] ≪ Km, v₀ ≈ (Vmax/Km) × [S] (proportionnelle à [S]) ; si [S] = Km,

v₀ = Vmax/2 ; si [S] ≫ Km (en pratique [S] > 10 Km), v₀ ≈ Vmax.

2.3 Détermination de Km et Vmax : les représentations linéaires

L’hyperbole ne permet pas une lecture précise de Vmax. On utilise des transformations linéaires

de l’équation :

Représentation Axes Équation Lecture
Lineweaver-Burk 1/v₀ en fonction 1/v₀ = (Km/Vmax)(1/[S]) Ordonnée à l’origine =
(doubles inverses) de 1/[S] + 1/Vmax 1/Vmax ; abscisse à
l’origine = – 1/Km ;
pente = Km/Vmax
Eadie-Hofstee v₀ en fonction de v₀ = – Km (v₀/[S]) + Vmax Ordonnée à l’origine =
v₀/[S] Vmax ; pente = – Km
Hanes-Woolf [S]/v₀ en fonction [S]/v₀ = (1/Vmax)[S] + Pente
=
1/Vmax
;
de [S] Km/Vmax abscisse à l’origine = –
Km

Figure 4. Détermination graphique de Km et Vmax par la représentation de Lineweaver-Burk. La représentation de Lineweaver-Burk est la plus utilisée pour son côté visuel (notamment pour identifier les inhibitions), mais elle donne un poids excessif aux mesures faites aux faibles concentrations de substrat, qui sont les moins précises. Aujourd’hui, Km et Vmax sont de préférence calculés par régression non linéaire à l’aide d’un logiciel. 2.4 Les enzymes allostériques

Certaines enzymes, souvent formées de plusieurs sous-unités et placées aux points de contrôle des voies métaboliques, ne suivent pas le modèle de Michaelis-Menten. Leur courbe v₀ = f([S]) est sigmoïde : la fixation d’une molécule de substrat facilite la fixation des suivantes ( coopérativité positive ). Leur activité est modulée par des effecteurs allostériques qui se fixent sur un site distinct du site actif : les activateurs déplacent la courbe vers la gauche, les inhibiteurs vers la droite. Exemple : la phosphofructokinase-1, enzyme clé de la glycolyse, inhibée par l’ATP et activée par l’AMP. Pour ces enzymes on définit un [S]₀,₅ (concentration donnant la demi-vitesse maximale) au lieu d’un Km, et un coefficient de Hill (n) qui mesure la coopérativité.

Figure 5. Comparaison d’une cinétique michaélienne et d’une cinétique allostérique.

Chapitre 3 : Facteurs de l’activité, inhibition et régulation

Objectifs du chapitre (6 h de CM)

3.1 Effet de la température

Deux phénomènes opposés s’additionnent :

Il en résulte une température optimale apparente, qui dépend de la durée de l’essai (plus l’incubation est longue, plus la dénaturation pèse). Elle est d’environ 37 à 40 °C pour de nombreuses enzymes animales, mais peut dépasser 90 °C pour les enzymes de microorganismes thermophiles (α-amylase de Bacillus licheniformis utilisée pour liquéfier l’amidon ; ADN polymérase Taq de la PCR). Le froid ralentit les enzymes sans les détruire : un aliment congelé puis décongelé retrouve son activité enzymatique.

Applications : le blanchiment (traitement thermique bref à 85 – 100 °C) des légumes avant congélation ou séchage détruit les enzymes d’altération ; la pasteurisation du lait inactive notamment la phosphatase alcaline ; la réfrigération ralentit le mûrissement et l’altération.

Figure 6. Effet de la température et du pH sur l’activité enzymatique (courbes indicatives).

3.2 Effet du pH

Le pH modifie l’ état d’ionisation des acides aminés du site actif et du substrat ; des pH extrêmes dénaturent l’enzyme. Chaque enzyme présente un pH optimal : pepsine ≈ 2 (estomac), amylase salivaire ≈ 6,8, trypsine ≈ 8 (intestin), phosphatase alcaline ≈ 10. En technologie, on ajuste le pH pour favoriser l’enzyme souhaitée ou, au contraire, pour bloquer une enzyme indésirable : l’ acidification des fruits coupés (jus de citron) freine leur brunissement.

3.3 Autres facteurs

3.4 Les inhibitions

Un inhibiteur est une substance qui diminue la vitesse d’une réaction enzymatique. On distingue les inhibitions réversibles , où l’inhibiteur se fixe par des liaisons faibles et peut être éliminé (par dialyse ou dilution), et les inhibitions irréversibles , où l’inhibiteur se lie de façon

covalente et détruit définitivement l’activité.

3.4.1 Inhibitions réversibles

Type Mécanisme Effet sur Km et Lineweaver-
Vmax Burk
Compétitive L’inhibiteur, analogue structural
du substrat, se fixe sur le site actif
Km
augme
nte : apparent
Km × (1 +
Droites
séc
sur
l’axe
antes
des
; il entre en compétition avec le [I]/Ki)
;
Vmax ordonnées
substrat. Un excès de substrat
lève l’inhibition.
inchan gée
Type Mécanisme Effet sur Km et Lineweaver-
Vmax Burk
Non L’inhibiteur se fixe sur un site Km inchangé ; Vmax Droites
sécantes
compétitive distinct, aussi bien sur E que sur apparente diminue : sur
l’axe
des
(pure) ES ; il ne gêne pas la fixation du
substrat mais bloque la catalyse.
Vmax / (1 + [I]/Ki) abscisses
Incompétitive L’inhibiteur ne se fixe que sur le Km
et
Vmax
Droites parallèles
complexe ES. apparents diminuent
du même facteur
Mixte Fixation sur E et sur ES avec des Km modifié et Vmax Droites
sécantes
affinités différentes. diminuée hors des axes

Ki (constante d’inhibition) est la constante de dissociation du complexe enzyme-inhibiteur : plus Ki est faible, plus l’inhibiteur est puissant. Exemple classique d’inhibition compétitive : le malonate inhibe la succinate déshydrogénase car il ressemble au succinate.

Figure 7. Allure des droites de Lineweaver-Burk pour les trois types d’inhibition réversible.

3.4.2 Inhibitions irréversibles

En agroalimentaire : de nombreuses graines contiennent des inhibiteurs naturels de protéases (inhibiteurs de la trypsine du soja, du niébé, de l’arachide crue) et d’amylases. Ils diminuent la digestibilité des protéines et la croissance des animaux ; la cuisson ou le traitement thermique les détruit, ce qui explique en partie pourquoi les légumineuses doivent être cuites avant d’être consommées ou distribuées au bétail.

3.5 La régulation de l’activité enzymatique dans la cellule

Chapitre 4 : Les enzymes dans les industries agroalimentaires

Objectifs du chapitre (8 h de CM)

4.1 Sources, production et mise en œuvre des enzymes

4.2 Enzymes de transformation des glucides

4.2.1 Amylases et industrie de l’amidon

Figure 8. Production industrielle de sirops de glucose et de fructose à partir de l’amidon.

Brasserie : lors du maltage , les grains de sorgho, de mil ou d’orge germent et synthétisent leurs amylases ; au brassage , ces enzymes transforment l’amidon en sucres fermentescibles que les levures convertissent en éthanol (bière de sorgho traditionnelle ou bili-bili, bière industrielle). Le malt de sorgho est plus pauvre en β-amylase que celui de l’orge : on complète parfois par des enzymes commerciales. Boulangerie : les amylases ajoutées à la farine fournissent des sucres aux levures (meilleure levée, croûte plus colorée) et retardent le rassissement.

4.2.2 Autres enzymes des glucides

Enzyme Réaction Applications
Invertase
(β-
Saccharose → glucose + Confiserie (centres liquides de
fructofuranosidase) fructose (sucre inverti) chocolats), sirops, miel artificiel ;
évite la cristallisation
Lactase (β-galactosidase) Lactose
→
glucose
+
galactose
Lait et produits laitiers délactosés
pour les personnes intolérantes au
lactose ; augmentation du pouvoir
sucrant
Pectinases Dégradation des pectines Extraction et clarification des jus de
(polygalacturonases, fruits (mangue, goyave, ananas),
pectine méthylestérases, macération,
diminution
de
la
pectate lyases) viscosité des purées et des extraits
de bissap
Cellulases, Dégradation
des
parois
Extraction des jus et des huiles,
hémicellulases végétales amélioration de la digestibilité des
aliments du bétail, rouissage
Enzyme Réaction Application s
Glucose oxydase + Glucose
+
O₂
→
acide
Élimination du glucose des
catalase gluconique + H₂O₂ ; H₂O₂ → ovoproduits (évite le brunisse ment
H₂O + ½ O₂ non enzyma tique) ; éliminatio n de
l’oxygène des boissons et
emballages

4.3 Enzymes de transformation des protéines et des lipides

4.3.1 Protéases

4.3.2 Lipases et autres enzymes

4.4 Les enzymes indésirables et leur maîtrise

4.4.1 Le brunissement enzymatique

La polyphénol oxydase (PPO) , enzyme à cuivre, oxyde en présence d’oxygène les composés phénoliques des fruits et légumes en quinones , qui se polymérisent en pigments bruns ( mélanines ). Il se manifeste dès que les tissus sont coupés, pelés ou meurtris : banane, pomme, avocat, igname, pomme de terre, aubergine. Il est recherché dans quelques cas (fermentation du thé noir, du cacao, maturation des dattes).

Figure 9. Mécanisme et prévention du brunissement enzymatique.

Chaque moyen de prévention agit sur un élément de la réaction : l’ enzyme (blanchiment, acidification, chélateurs du cuivre comme l’acide citrique, froid), l’ oxygène (immersion dans l’eau, emballage sous vide ou sous atmosphère modifiée) ou les produits (l’acide ascorbique réduit les quinones en phénols avant leur polymérisation). Les sulfites, très efficaces, sont limités en raison de leurs effets allergiques.

4.4.2 Autres altérations enzymatiques

4.5 Les enzymes indicatrices et analytiques